В 2006 году руководством Военно-медицинской академии и кафедры психиатрии было принято решение о восстановлении храма в восточном крыле клиники (так как историческое помещение церкви к тому времени занимала другая клиника академии).

Первый торжественный молебен и освящение будущих помещений храма в холле клиники совершил настоятель Николо-Богоявленского морского собора протоиерей Богдан Сойко.

Настоятелем восстанавливаемого храма был назначен протоиерей Георгий Иоффе. В этом же году начался ремонт выделенных помещений, стали регулярно служиться молебны, а с 8 декабря 2007 года, после 85-летнего перерыва, возобновлены регулярные богослужения.